2007年10月19日、中山ら元被告人12名と公判中に死亡した男性の遺族5名が原告となり、国と県を相手取って、違法な取り調べにより肉体的・精神的苦痛を受けたとして総額2億8600万円の賠償を求め、鹿児島地裁民事部に損害賠償請求訴訟を起こした。原告団は、この訴訟を通じて未解明となっている捜査手法の問題点を明らかにしたいとしている。
缶ビール事件における取り調べに際し、捜査担当者から「踏み字」を強要されて精神的苦痛を受けたとして、ホテル経営者が県を相手取って起こした民事訴訟についても、2007年1月18日に鹿児島地裁で、捜査手法の違法性を認め、約60万円の賠償を命じる判決が下された。この判決は県側の控訴断念により確定した。
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なお、志布志市在住の司法書士が、この判決により命じられた約60万円の賠償金について税金からの拠出は不当であるとして、元警部補本人に同額を負担させるよう、県の監査委員に対して住民監査請求を行っていたが、県警側は元警部補が在宅起訴されたことを受けて元警部補に全額の負担を求め、元警部補がこれに応じ50万円を拠出。司法書士はこの対応を評価し、残り10万円については当時の県警本部長や捜査責任者であった警部が負担すべきであるとの見解を表明したうえで、請求を取り下げた。
本事件において勾留された被告人との接見時の会話を捜査担当者が供述調書に記録した行為は接見交通権の侵害に当たるとして、弁護人11名が原告となって鹿児島地裁で起こしていた民事訴訟では、2008年3月24日に捜査担当者の権利侵害を認めて国と県に550万円の賠償を命じる判決が言い渡された。この判決は国・県の双方とも控訴を断念し、確定した。